导读
急性肝衰竭（ALF）是一种复杂的综合征，57%的病人可能会发展为多器官衰竭，导致死亡，或者需要进行器官移植治疗。在所有急性肝衰竭病例中，有12%是病因不明的。之前的研究表明宏基因组测序对于病毒的检测很有帮助，并且通过此方法鉴定了在血液中流通的新型病毒。本文通过宏基因组测序，鉴定出一些之前未被检测出的新型急性肝衰竭病毒感染患者。
点击文末“阅读原文”，可转至文献下载页面
全文字，预计用时5min
文献ID
题目：ViralSurveillanceinSerumSamplesFromPatientsWithAcuteLiverFailureByMetagenomicNext-GenerationSequencing
译名：通过宏基因组测序对急性肝功能衰竭患者的血清样本进行病毒检测
期刊：ClinicalInfectiousDiseases
发表时间：年7月IF=8.
通讯作者：CharlesY.Chiu
通讯单位：加利福尼亚大学
材料与方法
从美国急性肝衰竭研究小组中选取例ALF患者的血清样本运用宏基因组测序法进行病毒感染分析（盲测）。样本情况如下
研究成果
1
例病因未知的ALF患者临床诊断信息
初级临床试验对于肝炎病毒的检测范围随诊所站点的不同而改变，例病因未知的ALF患者的临床诊断信息如图1所示。在这些ALF患者中，80%的病人进行了丙型肝炎病毒（HCV）血清学检测和乙型肝炎病毒（HBV）抗体检测，10%的病人进行了丁型肝炎病毒（HDV）或者戊型肝炎病毒（HEV）的检测。
图1.例病因未知的ALF患者临床诊断信息
2
例ALF患者的血清样本宏基因组测序结果
宏基因组盲测分析共有27例阳性血清样本，将他们分为三组。
第一组是8例已知病毒类型感染的阳性对照，宏基因组测序准确鉴定出7例，1例因只检测到2条HBV序列在划定的阈值之外，被归为阴性；其中1例HBV阳性患者被鉴定出共感染了单纯疱疹病毒（HSV-1）。
第二组是临床试验阳性，但由于病因不明被归为不确定类的11例患者，宏基因组测序检出8例阳性患者。
第三组是临床检测阴性而宏基因组测序鉴定为阳性的8例患者，3例为HSV-1感染，5例分别为HBV、细小病毒B19、人类疱疹病毒（HHV-7）、巨细胞病毒（CMV）、人乳头状瘤病毒（HPV-）感染。
图2A.对例急性肝衰竭患者血清样本的检测(mNGS)流程图
3
宏基因组检测与临床检测及验证检测的一致性
利用偶然性检验表，证明了宏基因组测序检测结果与临床检测和验证性核酸检测（confrmatorynucleicacidtesting,NAT）的一致性分别为98.1%和99.3%。
图2B.2×2格式的偶然性检验表，比较了mNGS的相对性能
4
抗性突变的鉴定
将所有比对上病毒的序列与NCBINT数据库进行比对并组装，对10个与毒力基因相关的菌株HBV、HCV、HSV-1的抗性突变进行了分析。
在1株HSV-1菌株的胸苷激酶基因位密码子中发现一种插入导致的移码突变，意味着存在抗阿昔洛韦药物治疗的可能性。
在1株HCV菌株中发现NS3多态性，意味着存在抗特拉匹韦药物治疗的可能性。
在其余8株菌中没有检测到耐药性突变。
研究结论
1.对例成年急性肝衰竭（ALF）患者的血清样本进行病毒感染分析，通过二代测序鉴定出8个新的病毒感染患者，分别为单纯性疱疹病毒、HBV、细小病毒B19、人类7型疱疹病毒、巨细胞病毒、HPV-病毒。
2.宏基因组测序鉴定出一些之前未被检测出的双重或三重感染。
3.组装后的病毒基因组提供了基因型及耐药性突变信息。
4.未检测出新型病毒的序列。
5.宏基因组二代测序可用于ALF患者的病毒感染检测。
亮点
①选择美国急性肝衰竭研究小组-期间收集的样本进行研究，实现了对样本资源的再次利用。
②能够精确检测出一些临床难以鉴定的感染类型，对于临床诊断和治疗具有很大的帮助。
锐翌基因服务
宏基因组测序采用最新的IlluminaHiseq平台，并具有以下优势：
■全面的技术策略：采用IllminaHiseq平台，测序策略为PE。对测序序列组装，得到微生物群落结构的基因信息，分析微生物群落结构的基因、功能基因及物种多样性，探讨微生物群落与宿主之间的相互关系等。
■更合理的分析方法：增加了最前沿的CAG和MGS等宏基因组分析方法，深入挖掘样品中的信息。
■多选择的功能基因注释数据库：KEGG、eggNOG、CAZY、ARDB、SEED等。
供稿：苏明慧
编辑：王丽燕
点击下方“阅读原文”
转至文献下载页面
SMH赞赏
推荐文章
热点文章
